Cờ Liên Quân là một chế độ mới xuất hiện tại phiên bản Liên Quân Máy chủ thử nghiệm. Người chơi đánh bại đối thủ bằng cách mua những quân cờ liên quân - là các anh hùng trong Liên Quân Mobile, rồi đặt chúng lên bàn cờ để chiến đấu.

Điểm đặc biệt trong chế độ này là người chơi sẽ không thể điều khiển quân cờ khi giao tranh đã diễn ra, mà chỉ có thể sắp xếp những quân cờ trước khi giao tranh tự động nổ ra.